ในช่วงแรกนั้น เอฟ.บี.ไอ. ร่วมสืบสวนหาสาเหตุในการครั้งนี้ พวกเขาตั้งไว้ 2ประเด็น คือ เครื่องบินอาจถูกยิงตกด้วยมีสไซต์ของกองทัพสหรัฐ แบบกรณีของ มาเลเซียแอร์ไลน์ เที่ยวบินที่ 17 หรืออาจถูกลอบวางระเบิดโดยผู้ก่อการร้าย แบบกรณีของ แพนแอม เที่ยวบินที่ 103 แต่จากสอบสวนของคณะสืบสวนซึ่งได้ประกอบซากเครื่องบินเพื่อทำการสอบสวนหาสาเหตุ [1] ได้ข้อสรุปในปี 2540 ว่าเกิดจากสายไฟในเครื่องบินซึ่งมีสภาพเก่า ทำให้ไฟฟ้าลัดวงจรและเกิดประกายไฟในถังเซื้อเพลิง จึงเป็นสาเหตุทำให้เครื่องบินเกิดระเบิดกลางอากาศ [2]